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微波杀菌设备可分为包装前杀菌和包装后杀菌。包装容器不能用金属质地的，需用介质材料，一般用塑料软包装或玻璃，工程塑料质地容器为宜。为防止在微波杀菌过程中涨袋，微波杀菌设备可在工作仓内施加压力采用反压杀菌工艺，可防止涨袋损失。
由于物料各部位杀菌的同时性，杀菌时间短，能避免因长时间的加热影响食品品质，特别是对不宜在较高温度或较长加热时间情况下进行杀菌的食品。微波杀菌是一种物理杀菌方法，它不需要添加化学防腐剂就能够杀灭细菌、霉菌和虫卵，它在杀灭有害微生物过程中，不会对食品残留毒性或放射性物质的污染，安全无害。也不会改变食品的色香味和营养成分。
微波杀菌设备热效应的快速升温和非热效应的生化作用，增强了杀菌功能。相比常规热力杀菌在比较低温的温度、较短的时间内就能获得灭虫杀菌效果，一般杀菌温度在75～80℃，处理时间3～5分钟。微波食品杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率能从零到额定功率连续可调、传输速度从零开始连续调整，便于控制。微波设备可对已包装、未包装的不同物品进行灭菌加工处理可用于：粮食制品类：面包、月饼、面条、豆腐、豆腐干等。蔬菜类：泡菜、竹笋、香菇类等。水果类：荔枝、龙眼等。奶制品、调味品、香精香料、方便面汤料、火锅调料及各种液体等均可杀菌加工。
与常规消毒杀菌相比，微波杀菌设备，不需要锅炉，复杂的管道系统，煤场和运输车辆等，只要具备水、电基本条件即可。
